Forschungsgruppe Dr. Phillip Grote

Die Rolle langer, nicht-proteinkodierender RNAs (lncRNAs) in der Gen- und Genomregulierung

Das Genom kodiert alle Informationen, die erforderlich sind, um die Entwicklung eines Organismus von der befruchteten Eizelle bis zum komplexen menschlichen Organismus zu steuern. Fehlregulationen im Genprogramm können bei Kindern und Erwachsenen zu Krebs führen. Eine neue Klasse von Genen, die langen, nicht-proteinkodierenden RNAs (lncRNAs) und ihre Rolle bei der Gen- und Genomregulierung erhalten zunehmende Aufmerksamkeit als potenzielle therapeutische Angriffspunkte zur Kontrolle der Gen- und Genomaktivität und zur Umkehrung solcher fehlregulierten Genprogramme.

LncRNA-Gene produzieren RNA-Moleküle, genauso wie alle proteinkodierenden Gene, aber die RNA wird nicht in größere Peptide oder Proteine übersetzt. Stattdessen dient entweder die RNA selbst als Biomolekül und interagiert mit anderen Komponenten in einer Zelle wie DNA, RNA oder Proteinen, oder der Prozess der RNA-Erzeugung selbst ist bereits funktionell in Bezug auf die Gen- und Genomaktivität. Während solche lncRNA-Gene zunächst als Rauschen abgetan wurden, konnten in den letzten Jahren mehrere Labore weltweit zeigen, dass lncRNA-Gene tatsächlich wichtige Funktionen für den Organismus haben können. Darüber hinaus führte die ausführliche Detektion von allen RNA-Spezies in Zellen und Geweben durch Hochdurchsatz Sequenzierung zu der Entdeckung, dass fast ebenso viele lncRNA-Gene in das menschliche Genom eingebettet sind wie proteinkodierende Gene. Dies führte zu faszinierenden Forschungen: wie üben solche lncRNA-Gene ihre Funktion tatsächlich aus und wie können neuartige, auf Antisense basierende Arzneimittelansätze deren Funktion ändern, um so bei verschiedenen genetischen Krankheiten einen positiven Effekt zu erzielen.

Funktion der lncRNAs in der Onkologie

Unsere Forschung leistete Pionierarbeit bei der genetischen Analyse von lncRNA-Funktionen im Kontext des gesamten Organismus. Wir entdeckten, dass die beiden lncRNA-Gene Fendrr und Handsdown für den Organismus und insbesondere für die Regulierung spezifischer Genprogramme wichtig sind. Während unser genetischer Ansatz definiert, dass Fendrr auf der RNA-Ebene agiert, zeigen wir, dass der lncRNA-Lokus Handsdown seine Funktion über seine Transkription ausübt. Wir haben uns bisher auf entwicklungsbedingte Genprogramme im Herzsystem konzentriert und weiten unsere Forschung auf die Rolle von lncRNAs in der Onkologie aus. Vor allem die Genprogramme, die von den beiden oben genannten lncRNA-Genen reguliert werden, sind ebenfalls bei kleinen Lungenzellkarzinomen, bzw. im Endometriumkrebs involviert.

Wir verwenden Mausmodelle, um die Funktion von lncRNAs in einem organismischen und krankheitsbezogenen Kontext zu verstehen und dadurch mehr über die Genomregulierung durch lncRNAs zu erfahren und potenzielle Angriffspunkte für Medikamente zu erkunden.

Team

Dr. Phillip Grote

Dr. Phillip Grote

Gruppenleiter

Felix Kienzle

Felix Kienzle

Labmanager

Yi-Hsuan Lin

Yi-Hsuan Lin

PhD Student

Dr. Sandra Rogala

Dr. Sandra Rogala

Postdoc

Ausgewählte Publikationen

Rogala, S., Ali, T., Melissari, M.-T., Waehrisch, S., Schuster, P., Sarre, A., Boettger, T., Rogg, E.-M., Kaur, J., Krishnan, J., Dimmeler, S., Ounzain, S., Pedrazzini, Th., Herrmann, B.G. and Grote, P. (2023). 
The lncRNA Sweetheart regulates compensatory cardiac hypertrophy after myocardial injury in murine males. 
Nat Commun, 14, 7024. 10.1038/s41467-023-42760-y.


Ali, T., Rogala, S., Krause, N.M., Bains, J.K., Melissari, M.T., Wahrisch, S., Schwalbe, H., Herrmann, B.G., and Grote, P. (2023).
Fendrr synergizes with Wnt signalling to regulate fibrosis related genes during lung development via its RNA:dsDNA triplex element. 
NucleicAcidsRes. 10.1093/nar/gkad395.


Ali, T., & Grote, P. (2020). 
Beyond the RNA-dependent function of LncRNA genes.
ELife, 9. doi.org/10.7554/eLife.60583


Ritter, N., Ali, T., Kopitchinski, N., Schuster, P., Beisaw, A., Hendrix, D. A., Schulz, M. H., Müller-McNicoll, M., Dimmeler, S., & Grote, P. (2019).
The lncRNA Locus Handsdown Regulates Cardiac Gene Programs and Is Essential for Early Mouse Development. 
Developmental Cell, 50(5), 644-657.e8. doi.org/10.1016/j.devcel.2019.07.013

  • Nina M Krause
  • Jasleen K Bains
  • Julius Blechar
  • Christian Richter
  • Irene Bessi
  • Phillip Grote
  • Matthias S Leisegang
  • Ralf P Brandes
  • Harald Schwalbe

Biophysical Investigation of RNA ⋅ DNA : DNA Triple Helix and RNA : DNA Heteroduplex Formation by the lncRNAs MEG3 and Fendrr

Chembiochem. 2024 May 17;25(10):e202400049. doi: 10.1002/cbic.202400049. Epub 2024 Apr 29.

ABSTRACT

Long non-coding RNAs (lncRNAs) are important regulators of gene…

  • Jil D Stegmann
  • Jeshurun C Kalanithy
  • Gabriel C Dworschak
  • Nina Ishorst
  • Enrico Mingardo
  • Filipa M Lopes
  • Yee Mang Ho
  • Phillip Grote
  • Tobias T Lindenberg
  • Öznur Yilmaz
  • Khadija Channab
  • Steve Seltzsam
  • Shirlee Shril
  • Friedhelm Hildebrandt
  • Felix Boschann
  • André Heinen
  • Angad Jolly
  • Katherine Myers
  • Kim McBride
  • Mir Reza Bekheirnia
  • Nasim Bekheirnia
  • Marcello Scala
  • Manuela Morleo
  • Vincenzo Nigro
  • Annalaura Torella
  • TUDP consortium
  • Michele Pinelli
  • Valeria Capra
  • Andrea Accogli
  • Silvia Maitz
  • Alice Spano
  • Rory J Olson
  • Eric W Klee
  • Brendan C Lanpher
  • Se Song Jang
  • Jong-Hee Chae
  • Philipp Steinbauer
  • Dietmar Rieder
  • Andreas R Janecke
  • Julia Vodopiutz
  • Ida Vogel
  • Jenny Blechingberg
  • Jennifer L Cohen
  • Kacie Riley
  • Victoria Klee
  • Laurence E Walsh
  • Matthias Begemann
  • Miriam Elbracht
  • Thomas Eggermann
  • Arzu Stoppe
  • Kyra Stuurman
  • Marjon van Slegtenhorst
  • Tahsin Stefan Barakat
  • Maureen S Mulhern
  • Tristan T Sands
  • Cheryl Cytrynbaum
  • Rosanna Weksberg
  • Federica Isidori
  • Tommaso Pippucci
  • Giulia Severi
  • Francesca Montanari
  • Michael C Kruer
  • Somayeh Bakhtiari
  • Hossein Darvish
  • Heiko Reutter
  • Gregor Hagelueken
  • Matthias Geyer
  • Adrian S Woolf
  • Jennifer E Posey
  • James R Lupski
  • Benjamin Odermatt
  • Alina C Hilger

Bi-allelic variants in CELSR3 are implicated in central nervous system and urinary tract anomalies

NPJ Genom Med. 2024 Mar 1;9(1):18. doi: 10.1038/s41525-024-00398-9.

ABSTRACT

CELSR3 codes for a planar cell polarity protein. We describe twelve affected individuals…

  • Sandra Rogala
  • Tamer Ali
  • Maria-Theodora Melissari
  • Sandra Währisch
  • Peggy Schuster
  • Alexandre Sarre
  • Rebeca Cordellini Emídio
  • Thomas Boettger
  • Eva-Maria Rogg
  • Jaskiran Kaur
  • Jaya Krishnan
  • Gabrijela Dumbović
  • Stefanie Dimmeler
  • Samir Ounzain
  • Thierry Pedrazzini
  • Bernhard G Herrmann
  • Phillip Grote

The lncRNA Sweetheart regulates compensatory cardiac hypertrophy after myocardial injury in murine males

Nat Commun. 2023 Nov 2;14(1):7024. doi: 10.1038/s41467-023-42760-y.

ABSTRACT

After myocardial infarction in the adult heart the remaining, non-infarcted tissue adapts to…

  • Tamer Ali
  • Sandra Rogala
  • Nina M Krause
  • Jasleen Kaur Bains
  • Maria-Theodora Melissari
  • Sandra Währisch
  • Harald Schwalbe
  • Bernhard G Herrmann
  • Phillip Grote

Fendrr synergizes with Wnt signalling to regulate fibrosis related genes during lung development via its RNA:dsDNA triplex element

Nucleic Acids Res. 2023 Jul 7;51(12):6227-6237. doi: 10.1093/nar/gkad395.

ABSTRACT

Long non-coding RNAs are a very versatile class of molecules that can have important…

  • Dorota Zawada
  • Jessica Kornherr
  • Anna B Meier
  • Gianluca Santamaria
  • Tatjana Dorn
  • Monika Nowak-Imialek
  • Daniel Ortmann
  • Fangfang Zhang
  • Mark Lachmann
  • Martina Dreßen
  • Mariaestela Ortiz
  • Victoria L Mascetti
  • Stephen C Harmer
  • Muriel Nobles
  • Andrew Tinker
  • Maria Teresa De Angelis
  • Roger A Pedersen
  • Phillip Grote
  • Karl-Ludwig Laugwitz
  • Alessandra Moretti
  • Alexander Goedel

Retinoic acid signaling modulation guides in vitro specification of human heart field-specific progenitor pools

Nat Commun. 2023 Apr 3;14(1):1722. doi: 10.1038/s41467-023-36764-x.

ABSTRACT

Cardiogenesis relies on the precise spatiotemporal coordination of multiple progenitor…

  • Caroline M Kolvenbach
  • Tim Felger
  • Luca Schierbaum
  • Isabelle Thiffault
  • Tomi Pastinen
  • Maria Szczepańska
  • Marcin Zaniew
  • Piotr Adamczyk
  • Allan Bayat
  • Öznur Yilmaz
  • Tobias T Lindenberg
  • Holger Thiele
  • Friedhelm Hildebrandt
  • Katrin Hinderhofer
  • Ute Moog
  • Alina C Hilger
  • Bonnie Sullivan
  • Lauren Bartik
  • Piotr Gnyś
  • Phillip Grote
  • Benjamin Odermatt
  • Heiko M Reutter
  • Gabriel C Dworschak

X-linked variations in SHROOM4 are implicated in congenital anomalies of the urinary tract and the anorectal, cardiovascular and central nervous systems

J Med Genet. 2023 Jun;60(6):587-596. doi: 10.1136/jmg-2022-108738. Epub 2022 Nov 15.

ABSTRACT

BACKGROUND: SHROOM4 is thought to play an important role in cytoskeletal…

  • Julia Fabian
  • Gabriel C Dworschak
  • Lea Waffenschmidt
  • Luca Schierbaum
  • Charlotte Bendixen
  • Stefanie Heilmann-Heimbach
  • Sugirthan Sivalingam
  • Andreas Buness
  • Nicole Schwarzer
  • Thomas M Boemers
  • Eberhard Schmiedeke
  • Jörg Neser
  • Johannes Leonhardt
  • Ferdinand Kosch
  • Sandra Weih
  • Helen Maya Gielen
  • Stuart Hosie
  • Carmen Kabs
  • Markus Palta
  • Stefanie Märzheuser
  • Lena Marie Bode
  • Martin Lacher
  • Frank-Mattias Schäfer
  • Maximilian Stehr
  • Christian Knorr
  • Benno Ure
  • Katharina Kleine
  • Udo Rolle
  • Marcin Zaniew
  • Grote Phillip
  • Nadine Zwink
  • Ekkehart Jenetzky
  • Heiko Reutter
  • Alina C Hilger

Genome-wide identification of disease-causing copy number variations in 450 individuals with anorectal malformations

Eur J Hum Genet. 2023 Jan;31(1):105-111. doi: 10.1038/s41431-022-01216-5. Epub 2022 Nov 1.

ABSTRACT

Anorectal malformations (ARM) represent a spectrum of rare…

  • Jan Gehlen
  • Ann-Sophie Giel
  • Ricarda Köllges
  • Stephan L Haas
  • Rong Zhang
  • Jiri Trcka
  • Ayse Ö Sungur
  • Florian Renziehausen
  • Dorothea Bornholdt
  • Daphne Jung
  • Paul D Hoyer
  • Agneta Nordenskjöld
  • Dick Tibboel
  • John Vlot
  • Manon C W Spaander
  • Robert Smigiel
  • Dariusz Patkowski
  • Nel Roeleveld
  • Iris Alm van Rooij
  • Ivo de Blaauw
  • Alice Hölscher
  • Marcus Pauly
  • Andreas Leutner
  • Joerg Fuchs
  • Joel Niethammer
  • Maria-Theodora Melissari
  • Ekkehart Jenetzky
  • Nadine Zwink
  • Holger Thiele
  • Alina Christine Hilger
  • Timo Hess
  • Jessica Trautmann
  • Matthias Marks
  • Martin Baumgarten
  • Gaby Bläss
  • Mikael Landén
  • Bengt Fundin
  • Cynthia M Bulik
  • Tracie Pennimpede
  • Michael Ludwig
  • Kerstin U Ludwig
  • Elisabeth Mangold
  • Stefanie Heilmann-Heimbach
  • Susanne Moebus
  • Bernhard G Herrmann
  • Kristina Alsabeah
  • Carmen M Burgos
  • Helene E Lilja
  • Sahar Azodi
  • Pernilla Stenström
  • Einar Arnbjörnsson
  • Barbora Frybova
  • Dariusz M Lebensztejn
  • Wojciech Debek
  • Elwira Kolodziejczyk
  • Katarzyna Kozera
  • Jaroslaw Kierkus
  • Piotr Kaliciński
  • Marek Stefanowicz
  • Anna Socha-Banasiak
  • Michal Kolejwa
  • Anna Piaseczna-Piotrowska
  • Elzbieta Czkwianianc
  • Markus M Nöthen
  • Phillip Grote
  • Michal Rygl
  • Konrad Reinshagen
  • Nicole Spychalski
  • Barbara Ludwikowski
  • Jochen Hubertus
  • Andreas Heydweiller
  • Benno Ure
  • Oliver J Muensterer
  • Ophelia Aubert
  • Jan-Hendrik Gosemann
  • Martin Lacher
  • Petra Degenhardt
  • Thomas M Boemers
  • Anna Mokrowiecka
  • Ewa Małecka-Panas
  • Markus Wöhr
  • Michael Knapp
  • Guido Seitz
  • Annelies de Klein
  • Grzegorz Oracz
  • Erwin Brosens
  • Heiko Reutter
  • Johannes Schumacher

First genome-wide association study of esophageal atresia identifies three genetic risk loci at CTNNA3, FOXF1/FOXC2/FOXL1, and HNF1B

HGG Adv. 2022 Jan 25;3(2):100093. doi: 10.1016/j.xhgg.2022.100093. eCollection 2022 Apr 14.

ABSTRACT

Esophageal atresia with or without tracheoesophageal fistula…

  • Andreas W Heumüller
  • Alisha N Jones
  • André Mourão
  • Marius Klangwart
  • Chenyue Shi
  • Ilka Wittig
  • Ariane Fischer
  • Marion Muhly-Reinholz
  • Giulia K Buchmann
  • Christoph Dieterich
  • Michael Potente
  • Thomas Braun
  • Phillip Grote
  • Nicolas Jaé
  • Michael Sattler
  • Stefanie Dimmeler

Locus-Conserved Circular RNA cZNF292 Controls Endothelial Cell Flow Responses

Circ Res. 2022 Jan 7;130(1):67-79. doi: 10.1161/CIRCRESAHA.121.320029. Epub 2021 Nov 18.

ABSTRACT

BACKGROUND: Circular RNAs (circRNAs) are generated by back splicing of…

  • Lila Allou
  • Sara Balzano
  • Andreas Magg
  • Mathieu Quinodoz
  • Beryl Royer-Bertrand
  • Robert Schöpflin
  • Wing-Lee Chan
  • Carlos E Speck-Martins
  • Daniel Rocha Carvalho
  • Luciano Farage
  • Charles Marques Lourenço
  • Regina Albuquerque
  • Srilakshmi Rajagopal
  • Sheela Nampoothiri
  • Belinda Campos-Xavier
  • Carole Chiesa
  • Florence Niel-Bütschi
  • Lars Wittler
  • Bernd Timmermann
  • Malte Spielmann
  • Michael I Robson
  • Alessa Ringel
  • Verena Heinrich
  • Giulia Cova
  • Guillaume Andrey
  • Cesar A Prada-Medina
  • Rosanna Pescini-Gobert
  • Sheila Unger
  • Luisa Bonafé
  • Phillip Grote
  • Carlo Rivolta
  • Stefan Mundlos
  • Andrea Superti-Furga

Non-coding deletions identify Maenli lncRNA as a limb-specific En1 regulator

Nature. 2021 Apr;592(7852):93-98. doi: 10.1038/s41586-021-03208-9. Epub 2021 Feb 10.

ABSTRACT

Long non-coding RNAs (lncRNAs) can be important components in…

  • Tamer Ali
  • Phillip Grote

Beyond the RNA-dependent function of LncRNA genes

Elife. 2020 Oct 23;9:e60583. doi: 10.7554/eLife.60583.

ABSTRACT

While long non-coding RNA (lncRNA) genes have attracted a lot of attention in the last decade, the focus…

  • Johanna Magdalena Rieke
  • Rong Zhang
  • Doreen Braun
  • Öznur Yilmaz
  • Anna S Japp
  • Filipa M Lopes
  • Michael Pleschka
  • Alina C Hilger
  • Sophia Schneider
  • William G Newman
  • Glenda M Beaman
  • Agneta Nordenskjöld
  • Anne-Karoline Ebert
  • Martin Promm
  • Wolfgang H Rösch
  • Raimund Stein
  • Karin Hirsch
  • Frank-Mattias Schäfer
  • Eberhard Schmiedeke
  • Thomas M Boemers
  • Martin Lacher
  • Dietrich Kluth
  • Jan-Hendrik Gosemann
  • Magnus Anderberg
  • Gillian Barker
  • Gundela Holmdahl
  • Göran Läckgren
  • David Keene
  • Raimondo M Cervellione
  • Elisa Giorgio
  • Massimo Di Grazia
  • Wouter F J Feitz
  • Carlo L M Marcelis
  • Iris A L M Van Rooij
  • Arend Bökenkamp
  • Goedele M A Beckers
  • Catherine E Keegan
  • Amit Sharma
  • Tikam Chand Dakal
  • Lars Wittler
  • Phillip Grote
  • Nadine Zwink
  • Ekkehart Jenetzky
  • Alfredo Brusco
  • Holger Thiele
  • Michael Ludwig
  • Ulrich Schweizer
  • Adrian S Woolf
  • Benjamin Odermatt
  • Heiko Reutter

SLC20A1 Is Involved in Urinary Tract and Urorectal Development

Front Cell Dev Biol. 2020 Aug 7;8:567. doi: 10.3389/fcell.2020.00567. eCollection 2020.

ABSTRACT

Previous studies in developing Xenopus and zebrafish reported that the…

  • Rong Zhang
  • Jan Gehlen
  • Amit Kawalia
  • Maria-Theodora Melissari
  • Tikam Chand Dakal
  • Athira M Menon
  • Julia Höfele
  • Korbinian Riedhammer
  • Lea Waffenschmidt
  • Julia Fabian
  • Katinka Breuer
  • Jeshurun Kalanithy
  • Alina Christine Hilger
  • Amit Sharma
  • Alice Hölscher
  • Thomas M Boemers
  • Markus Pauly
  • Andreas Leutner
  • Jörg Fuchs
  • Guido Seitz
  • Barbara M Ludwikowski
  • Barbara Gomez
  • Jochen Hubertus
  • Andreas Heydweiller
  • Ralf Kurz
  • Johannes Leonhardt
  • Ferdinand Kosch
  • Stefan Holland-Cunz
  • Oliver Münsterer
  • Beno Ure
  • Eberhard Schmiedeke
  • Jörg Neser
  • Petra Degenhardt
  • Stefanie Märzheuser
  • Katharina Kleine
  • Mattias Schäfer
  • Nicole Spychalski
  • Oliver J Deffaa
  • Jan-Hendrik Gosemann
  • Martin Lacher
  • Stefanie Heilmann-Heimbach
  • Nadine Zwink
  • Ekkehart Jenetzky
  • Michael Ludwig
  • Phillip Grote
  • Johannes Schumacher
  • Holger Thiele
  • Heiko Reutter

Human exome and mouse embryonic expression data implicate ZFHX3, TRPS1, and CHD7 in human esophageal atresia

PLoS One. 2020 Jun 5;15(6):e0234246. doi: 10.1371/journal.pone.0234246. eCollection 2020.

ABSTRACT

INTRODUCTION: Esophageal atresia with or without tracheoesophageal…

  • Nicole Ritter
  • Tamer Ali
  • Nina Kopitchinski
  • Peggy Schuster
  • Arica Beisaw
  • David A Hendrix
  • Marcel H Schulz
  • Michaela Müller-McNicoll
  • Stefanie Dimmeler
  • Phillip Grote

The lncRNA Locus Handsdown Regulates Cardiac Gene Programs and Is Essential for Early Mouse Development

Dev Cell. 2019 Sep 9;50(5):644-657.e8. doi: 10.1016/j.devcel.2019.07.013. Epub 2019 Aug 15.

ABSTRACT

Precisely controlled gene regulatory networks are required during…

  • Cornelius Fischer
  • Maria Metsger
  • Sophia Bauch
  • Ramon Vidal
  • Michael Böttcher
  • Phillip Grote
  • Magdalena Kliem
  • Sascha Sauer

Signals trigger state-specific transcriptional programs to support diversity and homeostasis in immune cells

Sci Signal. 2019 May 14;12(581):eaao5820. doi: 10.1126/scisignal.aao5820.

ABSTRACT

Macrophages play key roles in the immune systems of humans and other mammals. Here, we…

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